Le Comité de Direction rassemble autour du Pr Stanislas Lyonnet, Directeur de l'Institut, des directrices et directeurs de laboratoires, de laboratoires associés et de services cliniques affiliés à l'Institut.
Pr Stanislas Lyonnet, Directeur de l'Institut Imagine
Dr Laurent Abel, Directeur du laboratoire de Génétique humaine des maladies infectieuses
Pr Nathalie Boddaert, Directrice du laboratoire associé Image@Imagine
Pr Anita Burgun, responsable du service d'informatique médicale affilié, Hôpital Necker-Enfants malades AP-HP
Pr Olivier Hermine, Directeur du laboratoire de Mécanismes cellulaires et moléculaires des désordres hématologiques et implications thérapeutiques, responsable du service d'hématologie adulte affilié, Hôpital Necker-Enfants malades AP-HP
Dr Alessandra Pierani, Directrice du laboratoire de Génétique et développement du cortex cérébral
Dr Frédéric Rieux-Laucat, Directeur du laboratoire d'immunogénétique des maladies auto-immunes pédiatriques
Dr Sophie Saunier, Directrice du laboratoire des Maladies rénales héréditaires